De Hovaeremolen werd in 1711 gebouwd en de Duitsers gebruikten de molen als uitkijkpost. Op het einde van de Eerste Wereldoorlog werd de molen kapotgeschoten. In 1920 werd de molen heropgebouwd, maar het onderste stuk is nog het origineel van 1711. De molen heeft gewerkt tot in de jaren 1970, de olieslagerij tot in de jaren 1950.

In 1987 kocht de "vzw Hovaeremolen" de molen over van het gemeentebestuur en in 1990 begon men met de restauratie.

Op 05/08/1997 werd het laatste stuk van de restauratie gerealiseerd. Met een indrukwekkende hoogtekraan monteerde een ervaren kraanman de 25 meter lange wieken op de kop van de Hovaeremolen. Na 40 jaar verkommering en aftakeling is de laatste Koekelaarse windmolen weer volledig maalvaardig. In al zijn glorie pronkt hij opnieuw in het weidse landschap.

Op 30/08/1997 pakt de vzw Hovaeremolen uit met een groot molenfeest naar aanleiding van de feestelijke opening en de inwerkingstelling van de gerestaureerde Hovaeremolen.